藥用PET瓶的膨脹系數小，成型收縮率低，制成品尺寸穩定，機械融合度堪稱佳。但由于其不奈高溫，輻照會大面積破壞分子結構，所以高溫去菌、輻照去菌都不適合他，那么PET瓶是如何去菌的呢？
藥用PET瓶一般使用環氧乙烷去菌，原理是通過其與蛋白質分子上的巰基（-SH）、氨基（-NH2）、羥基（-OH）和羧基（-COOH）以及核酸分子上的亞氨基（-NH-）發生烷基化反應，造成蛋白質失去反應基團，阻礙了蛋白質的正常生化反應和新陳代謝，導致微生物死亡，從而達到去菌效果。目前比較流行的的是把環氧乙烷和惰性氣體混合放入裝滿需要去菌的密閉容器，由于環氧乙烷穿透能力強，從而對包裝好的產品進行去菌。PET瓶使用的是這種方式，環氧乙烷去菌倉中溫度55度，剛好不會破壞PET材質的特性，所以這種方式成為目前PET瓶主流去菌方式。
